Sekolah Menengah Kebangsaan Tun Habab, Kota Tinggi pada awalnya dikenali sebagai Sekolah Menengah Rendah Kota Tinggi yang mula beroperasi pada tahun 1965. Ketika itu, pembinaan bangunan sedang dijalankan dan pelajar menumpang di Sekolah Menengah Laksamana.
Pengetua pertama ialah Haji Othman Haji Abd. Hamid (1967–1973), dibantu oleh 20 guru. Pada tahun 1967, pelajar pertama menduduki peperiksaan SRP. Sekolah ini dirasmikan pada 30 September 1971 dan dinamakan semula sebagai Sekolah Tun Habab.
Nama Tun Habab diambil sempena Bendahara Abd. Majid Tun Habib Seri Maharaja Padang Saujana, seorang tokoh penting dalam kerajaan Johor ketika era Sultan Mahmud Shah (1685–1699), yang terkenal dengan kepimpinan bijaksana.
Pendidikan Berkualiti Insan Terdidik Negara Sejahtera.
Membangun Potensi Individu Melalui Pendidikan Berkualiti Untuk Membangunkan Potensi Individu Bagi Memenuhi Aspirasi Negara.
Singkatan nama sekolah yang diambil sempena nama Bendahara Kesultanan Melayu Johor ke-19, Bendahara Abd. Majid Tun Habib (Habab) Seri Maharaja Padang Saujana. Bendahara yang masyhur pada zaman pemerintahan Sultan Mahmud Syah (Mangkat Dijulang).
Melambangkan pemuafakatan antara pelajar, guru, ibu bapa, dan masyarakat. Selari dengan pepatah Melayu, “Bulat air kerana pembentung, bulat manusia kerana muafakat”.
Ilmu, Kokurikulum, Akhlak — warga Tun Habab menitikberatkan ilmu pengetahuan, penyertaan kokurikulum dan akhlak mulia.
Melambangkan kegigihan, kecekalan, dan semangat tinggi dalam mencapai wawasan pendidikan.
Simbol perpaduan dan suasana harmoni antara pelbagai kaum di sekolah.
Melambangkan nilai murni yang diterapkan kepada semua warga sekolah.
Mencerminkan kerendahan diri, kesopanan, dan sifat merendah diri walaupun berilmu tinggi.